第一次南巡是康熙在1681年最终镇压三藩之乱后数年间进行的全面巡视的一部分。在1684年南巡开始前，就发布了各种诏书试图防止严重的滥用职权行为的增长。定下扈从的组成：陪同皇帝御马的人员和銮舆卫、八旗北京驻军；跟随他们的是衙门扈从官，从内阁学士、翰林院学士、各部尚书、各司郎中、监督、医生、起居注官员中挑选的约九十人，轮流陪伴这些人的是必要的秘书和办事员。总数约是一千人，很可能曹寅即是其中之一。

皇帝所到之处有大量官员和百姓迎接毫不奇怪。1675年会典规定无论何时皇帝出游，方圆百里内的所有官员必须前来接驾；不这样做的，初犯者罚去一年俸禄，再犯者将被贬降两级调走。1684年鸿胪寺的官员强化了这些规定，他们骑马行进在队伍前列，指挥百里内所有官员召集当地乡绅和士民在皇帝到达和离去时跪拜致意。军官们及其军队也是如此。

1684年11月5日皇帝和扈从离开北京从陆路行往南方，1685年1月3日，在六十天的旅行后回到皇宫。

毋庸置疑，这次巡视中康熙评估了中心省份对清政权的态度，因而他谨慎考虑了行进路线。比如他绕过扬州，那是1645年满洲军队大肆屠杀汉族居民的地方，没有到苏州以南战斗更残酷的杭州附近。江宁与前明政权有密切的联系，一度是明朝，当时每晚阅读《史记》到午夜后。在江宁城外的句容县，他停下队列询问当地县官庄稼的收成，并敦促他爱民如子。这些询问创造出一个杰出的君主形象。但除了所有这些为赢得声誉所做的努力外，皇帝仍然谨慎而实际，与鞑靼将军留在江宁封闭的满洲城内。只是在后来的巡视中他才冒险进城，驻进织造衙门。

第一次南巡某种意义上是侦察探险，虽然皇帝注意到河道事务，但直到1689年第二次南巡他才认真解决这一问题。第二次南巡前一份诏书宣布，由于有皇帝应亲自视察河务的请求，他才这么做的。他反复强调不应由于南巡向百姓额外征税，所有供给必须提前以流通市价购买，地方官员不得给扈从成员送礼。

1689年1月28日，在长子胤禔和于成龙（1684年他得到赏识，此时是直隶巡抚）陪同下，皇帝离开北京，从陆路往南到宿迁县。这里是黄河和大运河会合的枢要地区。在此他开始热心地视察河务。其后是很长的有关河务的讨论，然后皇帝乘船视察了清河县。继续顺大运河而下，过了扬子江，两天后到达苏州，2月28日抵达大运河终点的杭州。

3月16到21日在江宁，3月23日和24日在扬州，然后他迅速地沿大运河北上，仅仅停留了两天视察更多河务，4月7日他到达天津。因为这天是他的生日，名义上的皇太子（胤礽）和其他皇子、所有高官都从首都来迎接并护送他回宫。第二次南巡花了七十天。