清末甘肃提督董福祥所部清军，多甘肃籍， 故名。董福祥，甘肃固原(今属宁夏回族自治区)人。1862年(同治元年)陕甘回民起义时，率众起义于安化。1867年(同治六年)为陕甘总督左宗棠部刘松山所败，随即投降，所部改编为三营，参加镇压甘肃、青海回民起义。1875——1878年(光绪元年至四年)随左宗棠参加收复新疆战争。1890年(光绪十六年)董福祥被擢为喀什噶尔提督。1897年(光绪二十三年)德国侵占胶州湾，董福祥甘军奉命入卫京师，旋赴青海镇压回民起义。董福祥任甘肃提督，所部达二十营。次年，百日维新期间，经荣禄饬调驻长辛店。戊戌政变后，荣禄组建武卫五军，董部甘军改编为后军。义和团运动期间，在京津抵抗西摩联军，参加攻打使馆，联军进占北京，董率甘军随扈行在。议和中列强指名董福祥以祸首索办， 遂于1901年(光绪二十七年)初革职回籍，同年所部甘军诏令裁并为八营，甘军之名遂销。裁并后由张行志所统三营，以后衍化成马家军。