东方茨藻为一年生沉水草本。植株纤细，易折断，呈黄绿色至深绿色，基部节上生有不定根，下部匍匐，上部直立；株高10-15厘米，或更长。种子略呈肾形，表面常有金属光泽，网隙肉眼可见；外种皮细胞四方形，约20列，排列整齐，胞壁上有明显突起。花果期，5-8月。本种过去在我国一直被定为多孔茨藻N. foveolata A. Br. ex Magnus, 但其叶鞘圆形，外种皮细胞壁有明显凸起等特征，均有别于多孔茨藻。
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