不久，元末农民大起义。施耐庵帮助陈友谅拉了队伍，做了军师。陈友谅没有队伍以前，对施耐庵 言必听，计必从，很快地人马增 多，地盘扩大，在全国成了一支响当当的队伍。可是坏了，后来陈友谅变了，他不能居安思危，每打下一座城池，就选一次美女。施耐庵谏发九次，都未听；第十次，施耐庵又谏了，陈友谅还是不听。施耐庵挂冠遁了。隐到家里，种着牡丹，过着耕织、写书生涯。
朱元璋带队伍打到长江，才遇上刘伯温，便认他做军师。自此，朱元璋节节胜利，地盘不断扩大。这一年，队伍从兴化经过，刘伯温对朱元璋说：“主公，我有一个故人，家住这里，想请你一道去看望看望。”朱元璋说：“嗨，是你故人，又不是我朋友，我去干啥呢？”刘伯温只得打开天窗说亮话：“此人上知天文下晓地理，古今中外，诸 子百家，无不通晓，有经天纬地之才，比我强百倍……”朱元璋笑着打断他的话说：“军师，得了，得了。你们读书人喜欢圈子，说半天，还不是要我学刘备请孔明吗？成，走。”于是，两人一道去访施耐庵。
施耐庵在家听说朱元璋的队伍从这里过，想起老师临别的话，晓得师弟一定要来，就嘱咐家里人说：“近日无论何人来找，就说我出门访友，三年方归。”说罢躲了起来。刘伯温领着朱元璋来到施家，家人说：“先生，家主出去啦，三天后回来。”刘伯温说：“那好。施先生回来，请你告诉他，故人刘伯温和主公朱元璋来访。三天后再来，望他务必等等。”说罢，就走了。
家人把“三年”错成“三天”，施耐庵听了干急无汗。他没有对家人发脾气，只是想着如何解决这事儿。
施耐庵这人“倔”得很。他跟陈友谅干过，就不愿再帮朱元璋。“好马不配二鞍”嘛！再说，他会看麻衣相，他看到朱元璋额大下巴小，好干绝情的事，所以就怎么也不愿出山。但又无奈老同学盛情。他想，要让刘伯温死了这条心才好。当时，他正在写《封神》。一看书稿，乐了。“让《封神》帮我度过这一关吧！”于是第四天，东方才露鱼肚白，他便把《封神》摆在桌上，然后悄悄地——连家人也没打个招呼——就下乡了，跟老农“两文钱买条瓠子——刮刮谈”去了。
朱元璋和刘伯温按时来了。家人把俩迎进家中，让他俩在书房坐下，说：“我家先生早晨喜欢遛田埂。你俩坐坐，我去找！”
朱元璋坐下，瞥眼看到桌上的《封神》，就随手翻着看。朱元璋这人怪，看书从后面往前面看。看到书上写的尽是些云里来、雾里去、土里遁的事，飘飘缈缈，不觉边际，心里便有几分不乐，觉得施耐庵太玄缓啦！因此对刘伯温说：“施耐庵这人太玄啦，恐怕没有真才实学，不敢见我们。”刘伯温一听，急得满头是汗，陪着小心说：“主公，他确有本事，你再看看。”朱元璋只得耐着性子看下去，看到哪咤降生，来劲了，目不转静地边看边笑，手还不断地比划着。待看到哪咤闹海，他不觉 诵出声来，连连叫绝：“好，好！军师，东海叫他写的真美啊！这东海，可就是淮安那个东海？”刘伯温忙答道：“是的。这里人说，‘海向东流，江向北流’，海就是东海，江是长江。”朱元璋眼不离书，点头称赞说：“施先生，有本事！”
刘伯温听了乐滋滋的，轻轻舒了一口气，抹下帽子放在桌上。朱元璋继续专心地看《封神》，一点不急，看样子是非把施耐庵等到不可。看着，看着，当看到哪咤与李靖闹翻，迫父，追父，要杀父时，他眉头皱了个大疙瘩，把书移推到一边。心想，施耐庵在唆使人犯上作乱，要照施耐庵的话去做，不是要形成‘子迫父，臣迫君’的局面了吗？那我姓朱的还能坐稳江山吗？想到这些 ，他伸了个懒腰，说：“军师，算了！我们队伍齐整 ，人手不缺。我不想请他了。”
刘伯温没有办法，朱元璋起身，他只好跟在后面，离开了施家。走出村子，刘伯温忽然说：“主公，你等一步，我的帽子忘了，我去拿来。”朱元璋答应了。刘伯温回到书房，提 笔在稿上写了十六个大字：“青山不倒，绿水长流，远遁江湖，诗酒自娱。”写罢拿起帽子，谁想帽底下，竟是一幅丹青。画面上是一条河，一个渔翁。正依着牡丹花钓鱼哩。刘伯温看渔翁怪面熟的，瞅了瞅，竟是自己。他恍然大悟，急忙收了画。原来，这是施耐庵用画点拨刘伯温。后来，明朝建国后，刘伯温果然失踪了。朱元璋火烧庆功楼，所有功臣都被烧死，惟独刘伯温幸免。
刘伯温赶上朱元璋，两人走到东海。朱元璋伫马看看，觉得一个小小的内湖，叫施耐庵写得那么浩渺美丽；想刘伯温说施耐庵有经天纬地之才，心里一怔：此人不请出，留下是祸根；不杀不得了，遂决心杀施耐庵。
施耐庵看到刘伯温留下的十六个字，就打算搬家。可他性子慢，加上园里那株牡丹，长得鲜活美丽，真叫他伤舍不得，又想不出移花的好点子，遂耽误了时间。
朱元璋这人心毒手狠，说干就干。他怕刘伯温是施耐庵同学，会做人情，因此杀施耐庵之事未让刘伯温知道，暗中派了一个大臣去执行。其实，在东海边朱元璋发愣，刘伯温心里已有数了。回南京后，他抢先一步，把戍边和任务交给苏北，十八岁至四十岁的全在内，一下就把施耐庵 抓到，遣着去戍边了。
刘伯温一生是三计难活一计，为啥为一计就活了呢？原来这是他先生教的。他与先生分手时，先生嘱咐他说：“常言说，是酱值钱，人犟不值钱。如果施耐庵敬酒不吃，你就让他吃罚酒吧！”
施耐庵临行时，把书稿捆捆，交给一妻妇，说：“我走了，牡丹还开花，你就烧稿嫁人。”妻子大把眼泪抓，哭哀哀地说：“你讲的啥话？”施耐庵说：“花荣人死，花枯人活。牡丹枯了，你就守着枯枝牡丹，看着书稿等我。”妻子泪眼模糊地说：“我晓得了。”施耐庵一走，她就除妆下地，守在家里。
原先，人们知道施家牡丹派场，短不了来看。谁知施耐庵一走，花出有灵，渐渐叶子瘦了，苞子消了，人们也不来看了。这时那带着杀人圣旨的大臣来抓施耐庵。人们说：“施耐庵去寻医牡丹的药了。”大臣抓不到人，一气之下，命令兵丁把牡丹打得七零八落。
大臣一走，妻子把打折的枝子扫堆在一起，哗哗的泪水洒到枝上。翌年牡丹又发芽了，长了几片叶子，花苞却再也不见了；逐年瘦小，到第九个年头竟枯了。妻子守着枯枝牡丹，看着书稿，一步不挪。
那时，戍边十年，期满放归。去时，施耐庵四十岁，归时五十岁了。妻子一见，喜出望外，激动的说：“你的话还真灵验啦！”两 人抱头大哭。哭后，妻子把书稿交给他，指着枯了的牡丹说：“先生，牡丹在，书稿在，人也在。有劲，你就攒吧！”施耐庵高兴地说：“花还要开，书还要写！”于是，整活了花圃，扫去败叶死枝。说也怪，第二年春上，牡丹发芽长叶，到五六月竟开出花来，万紫千红，盈盈艳艳，悄丽娇娆。施耐庵异常高兴，一则牡丹色彩这么奇丽，引人入胜，更重要的是她不畏强暴，反抗压迫，忠于主人的高贵品质，令人倾倒。他激动地说：“花如其主，花如其主！”就挥毫写了一首诗：
牡丹曾是亲手栽，十度春风九不开；
多少繁 华零尽， 一枝犹待主人来！
于是，施耐庵对着艳丽的牡丹花，日夜写书终于写出了《水浒》，传于后世！
（黎邦农）