日本灰绿龙胆,一年生草本,高2.5-14厘米。茎直立或斜升,黄绿色或紫红色,密被黄绿色乳突,自基部起多分枝,稀不分枝。蒴果外露或内藏,卵圆形或倒卵状矩圆形,长3-6.5毫米,先端钝圆,有宽翅,两侧边缘具狭翅,基部钝,柄粗壮,长至13毫米;种子淡褐色,椭圆形或矩圆形,长0.7-1毫米,表面具致密的细网纹。花果期3-9月。