《花随人圣庵摭忆》中说光绪并非善终，但其怀疑的对象却指向了隆裕皇后和其宠信的太监小德张，而幕后的指使人可能是慈禧太后。隆裕皇后是慈禧的侄女，作为当时后宫中的主要人物，隆裕皇后要搞点阴谋当然不是没有可能，但要说隆裕皇后能象她的那个姑妈那样心狠手辣，也不可信。
据目前公布的医案看，光绪在临终前半年的病势十分严重，如江苏名医曹元恒在三月初九的医案中写道：皇上肝肾阴虚，脾阳不足，气血两损，在治疗上不论是寒凉药还是温燥药都不能用，已处于无药可对症的病状。最后，曹元恒也只开了一些“鳖心甲”、“新会皮”之类的“平安药”。五月初十，上海名医陈秉钧也在医案中写有“调理多时，全无寸效”一语。
光绪本人对自己病情的恶化也极度焦虑，他对那些所谓的“名医”们极其失望。五月二十六日，光绪斥责御医们说：“病势迁延，服药总觉无效，且一症未平，一症又起”；七月十七日，又说：“服药非但无功，而且转增，实系药与病两不相合，所以误事！”八月初七日，光绪更是大骂：“每次看脉，忽忽顷刻之间，岂能将病详细推敲？不过敷衍了事而已。素号名医，何能如此草率！”光绪的焦躁和绝望，可见一斑。
为给光绪治病，宫廷打破先例，起用西医。当时天津知名的西医屈桂庭对光绪进行过诊治，他认为光绪的病征主要有：常患遗泄，头痛，发热，脊骨痛，无胃口，腰部显是有病；此外，肺部不佳，似有痨症；面色苍白无血色，脉搏弱，心房亦弱。
屈桂庭的判断是，光绪的体质本不强壮，容易神经过敏，或因早年房事过度，腰病之生，由来已久。其身体禁不住刺激，神经稍受震动，或听到锣鼓响声，或受衣裤磨擦，或偶有性的刺激即行遗精，还不能经常吃补药，越吃遗精就越频繁。由此看来，光绪的病情是综合征，兼有肾炎、高血压、胃炎、肺痨等症，诸病齐发，极难救治。
江苏名医杜仲骏在《德宗请脉记》中说，他在七月十六日的第一次入诊后便对户部尚书陆润痒说：“我此次进京，满以为能够治好皇上的病，博得微名。今天看来，徒劳无益。不求有功，只求不出差错。”十月中旬后，光绪除原有病症又增加了咳嗽气逆发喘等症，并出现肺部炎症及心肺衰竭，已处于病危状态，杜私下对朝臣说：“此病不出四日，必有危险。”
年月，《近代史研究》刊登了一篇《光绪死亡原因探析》的文章，其中宣称通过最新的检验数据分析得出了“光绪死于急性砒霜中毒”的结论。该文作者包振远系北京市公安局多年从事刑侦工作的调研员，其在文中称，在年到年期间，北京市公安局的侦查人员会同中国原子能科学院的科研人员运用中子活化实验并结合从河北易县光绪崇陵提取的光绪头发、衣物等重要检材，对光绪死因进行了反复的检验和缜密的分析。
根据北京市公安局法医检验鉴定中心对“光绪头发含砷量中子活化分析”等数据，光绪枕部、颈后部和发梢出现砷含量高倍超过致死量的情况，作者提出这是由“死后呕吐”所造成的。所谓“死亡呕吐”，在刑侦学中是指“由于腐败气体使腹腔内压增高、胃肠受压迫而使胃内食物溢出口腔之外，或者进入喉头、气管之内”，尸体腐败过程中均会出现类似情况。作者认为，光绪头发出现砷含量高峰段位证实了“光绪头发中所含致命砷(砒霜)是由于光绪尸体腐败时‘死后呕吐’而形成的”。文章综合中子活化分析实验、法医病理毒化检测结果及运用侦查方式进行的分析判断，“光绪明显符合急性中毒死亡的特征”。
据西医屈桂庭的回忆，他在给光绪正常治病有一个月后，某天光绪突然连呼腹疼，汗如雨下，捂着肚子在床上乱滚，连喊：“肚子痛得了不得！”屈桂庭当时也心里打鼓，感觉里面有问题，但也不敢多言惹祸上身。当时他能做的，就是让光绪躺在床上，以毛巾施行热敷而已。等到光绪疼痛稍缓，屈桂庭便匆匆辞去。此后宫内情形和光绪病状，屈桂庭自称毫无所知，他自己曾说，光绪之死实是个难解之迷，以至斧声烛影，人言人殊，至于怎么回事，他也说不清楚。他说的这些东西，也只能为研究者提供佐证而已。
结合启功之前所称的“老佛爷赏给万岁爷的塌喇”、屈桂庭观察到的“忽然肚痛”及最新发现的“死亡呕吐”后的高倍砒霜含量，似乎也不能排除光绪被人下毒的可能性。不过，在该文发表后，也有专家提出质疑并指出文中存在大量错误，而年清西陵文物管理处在清理崇陵地宫时，发现光绪的遗体完整，体长.米，无刃器伤痕，当时的刑侦学界也介入了光绪之死的调查，后通过化验颈椎和头发，并没有发现中毒现象。年，有关部门再次取样检测，依然没有得出确切的结论。
砒霜中毒在历史上极为常见，古代也积累了大量的丰富经验，应该说不难检验分析，何至于前几次都不能定论，而这次却言之凿凿。再者，光绪皇帝的崇陵曾于年被盗，后又经清理，其现场是否紊乱也是个问题。换句话说，也不能完全排除光绪正常死亡的可能。
从目前留下的医案来看，慈禧太后与光绪当时均身患重病，两人都可能挺不过这个月，但对于光绪为什么偏偏比慈禧早死一天的问题，诸多解释看似都有道理，但又无法定论。笔者认为，对这种历史的巧合或疑案，在没有十分确凿的证据及合理的推断之前，最好还是持存疑的态度而不必迷信权威，毕竟现代科学未必尽能解释历史的所有事务。
当然，光绪被慈禧太后谋害的可能性非但不能排除，而且概率很大，但如果真是这样，这就引发了一个问题：她为什么要这样做呢？
如果简单的以两人矛盾来解释，未免失于简单草率，因慈禧太后想要谋害光绪的话，在之前的十年即可实行，大可不必在两人都已危在旦夕之时才进行。如果慈禧太后与光绪的矛盾不足以制造谋杀事件的话，笔者大胆的推测，慈禧太后之所以要用砒霜加速光绪的死亡，很可能是为安排继位的方便(慈禧太后甚至有可能先死而秘不发丧)。
正如前面所说，慈禧太后对光绪没有生育能力心知肚明，而设立皇储又遭到国内外一致反对并引发“庚子国变”，由此也就无所作为。鉴于光绪即将不久于人世，而慈禧太后先行一步的话，如不对皇位问题早做安排，清廷朝政很可能陷入到崩塌的境地。
正因如此，慈禧太后必须在自己死前做出皇位继承的重大安排，以便于朝政的正常过渡，而出于实用主义的考虑，一个垂死而丧失了行政能力的皇帝反成为这一过程中的重大障碍。为让新皇帝名正言顺的接替皇位及小皇帝的父亲载沣能够顺利的接管朝政，慈禧太后与光绪，这两个即将走向死亡的人，其同赴地府反而是一个合乎逻辑的选择。
是人终究是要死的，作为近半个世纪的当政者，慈禧太后也意识到自己百年之后找好替手的重要性，而当时唯一合适的人选，只能是光绪的弟弟载沣。如果这个逻辑成立的话，后人再透过历史的长镜头或许会恍然大悟，在年十月二十一日的那场无声无息的朝政更替中，看似谜团，其实一切都早在计划中。