明代军事系统的都司(行都司)、卫、所，在绝大多数的情况下也是一种地理区域，统辖不属于行政系统管辖的疆土。明代卫所的疆土管辖可分以下四个类型：一为沿边卫所，其辖境从东北到西北以至西南的边疆地区，约占明代疆域的大半。(1) 奴尔干都司，其辖境包括整个黑龙江流域、库页岛和今吉林省等地方;(2) 辽东都司，治所在今辽宁省辽阳市，辖境相当今辽宁省的大部分;(3) 大宁都司，治所在今内蒙古自治区赤峰市宁城县，所辖除汉族军士及家族组成的卫所外，还管辖兀良哈三卫(泰宁、朵颜、福余)，大宁都司后来迁至保定一带，其辖地归兀良哈三卫管辖;(4) 万全都司，其辖境相当今河北省张家口地区;(5) 山西行都司，治所在大同，辖境相当于今山西省北部和相邻的内蒙古自治区部分地方; (6) 陕西都司，与陕西布政使司同驻西安，所辖的一部分卫所与府州县犬牙交错，大部分则属沿边卫所，其所属五卫(宁夏前、后，宁夏左屯、右屯、中屯)，辖境相当今宁夏回族自治区;(7) 陕西行都司，辖境相当今甘肃省的大部分，新疆、青海、西藏及四川西部少数地方;(8) 云南除设云南布政使司之外，还有汉族军士及其家属组成的大批卫所，筑城开屯，构成一种军事性质的地理区域，而且还把本应归布政使司管辖的少数州县划归卫军民指挥使司管辖; (9) 贵州虽设贵州布政使司，但主要是为了节制贵州部分土司而设立的，府下不设县，而贵州的官军家属等汉民居住区和大部分土司仍然隶属于贵州都司所属的各卫所。二是沿海卫所，主要设在人口稠密的东南沿海，其管辖的区域和人口一般均比相邻的州县少。中叶以后，由于海盗侵扰等原因，一些府州县的衙署迁入卫城，卫所辖土地与人口也有地方化的趋势，不过许多沿海卫所仍作为地理区域遗留到清代，如山东省的威海卫、靖海卫、鳌山卫、灵山卫、安东卫、寻山所、宁津所、海阳所、石臼所，直隶省的天津卫，江苏省的金山卫(今属上海市)，福建省的永宁卫(其下的中左千户所即今福建省厦门市)。三是内地卫所，亦处于人口密度较高的州县之中，往往与府州县同治所，其辖地较小而且分散，多数卫所的辖地和人口相当于一个小县。第四是在内卫所，设于北京与南京，两京在内卫所数和军额的密度比在外卫所要大得多，朝廷为充分利用地力，促进在内卫所自食其力，也从京畿地区拨给为数不多的屯田供在内卫所的军士耕种，其屯田大都在顺天府和应天府境内。卫所的屯田与丁口不归州县管辖。