陈云做财经工作的一个重要方法是调查研究。他每解决一个重要的财政经济问题，每做出一个重大的经济决策，事前都有一个深入细致的调查研究的过程。他注重调查研究，在党内是出了名的，给毛泽东也留下了极深的印象。1962年七千人大会上，毛泽东夸奖陈云懂经济，“他的方法是调查研究”。
20世纪30年代和40年代，陈云在开始形成“不唯上、不唯书、只唯实，交换、比较、反复”的思想方法的同时，也逐渐形成了先调查研究后进行决策的工作方法。新中国成立后，结合财经工作的实践活动，陈云对调查研究与决策的关系有了更深刻的认识。
对资本主义工商业的社会主义改造基本完成之后，如何改进商业工作，成为影响经济全局的一个大问题。为此，陈云向商业工作者提出了调查研究的任务。他说：“我们做工作，要用百分之九十以上的时间研究情况，用不到百分之十的时间决定政策。所有正确的政策，都是根据对实际情况的科学分析而来的。有的同志却反过来，天天忙于决定这个，决定那个，很少调查研究实际情况。这种工作方法必须改变。要看到，片面性总是来自忙于决定政策而不研究实际情况。”不久，他又指出：“重要的是要把实际看完全，把情况弄清楚。其次是决定政策，解决问题。难在弄清情况，不在决定政策。只要弄清了情况，不难决定政策。我们应该用百分之九十以上的时间去弄清情况，用不到百分之十的时间来决定政策。这样决定的政策，才有基础。比如，要解决猪肉供应紧张和猪的增产问题，若不管饲料、猪仔的来源，不管价格高低，不管群众愿意不愿意饲养，而是临时乱抓办法，那就永远也做不好这一工作。”这些话虽是对商业工作者说的，但却具有普遍的方法论意义。
20世纪60年代初，为解决严重的经济困难问题，全党大兴调查研究之风。此时，陈云再一次指出：“领导机关制定政策，要用百分之九十以上的时间做调查研究工作，最后讨论做决定用不到百分之十的时间就够了。”他解释实事求是，“实事，就是要弄清楚实际情况；求是，就是要求根据研究所得的结果，拿出正确的决策。”他还探讨了怎样调查研究的问题，说：“调查研究有各种各样的方法，找有各种不同看法的人交换意见，也是一种方法，而且是一种重要的方法。”
80年代后期和90年代初，陈云多次向中央和地方领导传授调查研究的方法，强调调查研究很需要。他建议“中央书记处讨论决定重大问题时，事先要调查研究，要准备好方案，而且要准备两个方案，不要只准备一个方案。”对怎样搞调查研究，他总结说：“搞调查研究有两种方法：一种是亲自率工作组或派工作组下乡、下厂，这当然是十分重要的；另一种是每个高中级领导干部都有敢讲真话的知心朋友和身边工作人员，通过他们可以经常听到基层干部、群众的呼声。后一种调查研究，有‘真、快、广的特点。所谓真，就是他们敢于反映真实情况，敢讲心里话。因为他们信得过你，知道你不会整他们。我就有这样一些朋友。所谓快，就是当问题处于萌芽状态时，就能够及时发现。所谓广，就是全国各省市各行各业，都有许多高中级干部（包括离休、退休的）。在某种意义上讲，后一种调查研究比前一种调查研究更重要一些。两种调查研究都有必要，缺一不可。”为了搞好后一种调查研究，他希望领导干部“要在各行各业广交知心朋友”。
陈云主持全国财经工作期间，留下了许许多多感人普遍困难。陈云得到这个材料后报送毛泽东。第二天，毛泽东批转中共中央华东局第三书记谭震林：“陈云同志所得青浦县小蒸乡的情况，很值得注意，兹寄上请阅，并请抄寄苏南区党委。”毛泽东还建议由谭震林派出两个调查组分别往浙江、苏南，直到几个县的乡村，专门调查农民公粮及其他负担的实情，然后由华东局召集两区负责人会议，切实解决农民负担太重的问题。
1960年秋冬，陈云到冀、鲁、豫、皖、苏、沪、浙跑了三个月。他在安徽合肥、芜湖考察时还派随行的国家计委干部王耕今和他的秘书周太和到阜阳农村调查，了解灾情。据王耕今回忆：“我和周太和到了阜阳找不到人，行路都困难，想在农村吃顿早饭，找了几个村都说负责人不在，最后在一个村才找到了几块白薯和一点青菜，吃了一餐早饭，这还是比较好的村招待北京来客的好饭哩。荒凉的样子渗透到各个方面。我们到南京向陈云汇报了阜阳农村困难的情况。”陈云经过三个月黄淮海地区和浙江、上海的考察，加上王耕今、周太和反映的安徽阜阳情况，使他对当时人民生活困难的局面和经济失衡的严重性，对经济调整的必要性和紧迫性，有着一般人所难以达到的认识。正因为如此，他回京后提出了进口粮食的建议并为中央所采纳。
他也常找能讲真话的可靠人士上来面谈。据周太和回忆：“陈云同志1952年8月从赴莫斯科与苏联商谈关于我国第一个五年计划发展问题归国以后，在紧张布置工业基本建设的同时，急于了解我国农业生产情况和发展问题。因为这是编制和执行一五计划的两个关键问题。陈云同志于1952年10月初，请曾在1927年一起搞农民运动的老战友陆铨同志从青浦县找两位当时在大革命失败后表现较好，敢于说实话的农民来京谈话。经过地方组织审定，介绍了两位农民，一名曹象波（贫农）、一名曹兴达（下中农）来京面谈。使他了解了1927年农民运动失败后组织受摧残、战友遭杀戮的情况以及土改前后农村的变化。两位农民说：土改后，地主被打倒了，农民翻身做了主人，每人分了地，有了积极性，农业生产开始恢复，农民有了奔头，并谈了很多苏南农村的情况和问题。在几次谈话中，陈云同志问他们，新中国建立，农村土改以后，农民认为有哪几条好处？有哪几条坏处？”两位农民坦诚相告，认为满意的有五条，不满意的有三条。“陈云同志赞赏他们直言不讳，并告诉这两位老乡，要他们回去转告亲友，中国劳动人民站起来了，不要怕地主反攻倒算，全国都已解放了，要大家安心生产。还请他们转告区、乡干部，认真组织大家修补农田水利，多种红花草，培养地力。这一次陈云同志特别约定这两位农民为今后他了解农村变化的长期联系人，后来进行过多次交往和面谈。”
为掌握第一手材料，陈云更多的是自己下去身临其境，调查研究。1949年7月到8月，为解决当时财政经济的严重困难，陈云到上海主持财经会议并进行了一个多月的调查研究。特别是与上海各界代表人物接触，交流意见，了解情况，探讨了发行公债的可行性，为1950年初全国范围内发行公债提供了重要的认识基础。毛泽东称赞陈云此次找各界人物谈话的做法，要求各级领导人像陈云在上海那样多和党外各界人士接触，“探听各界气候，将具体问题向他们请教及交换意见，而不是泛泛的交际性的接触”。