雍正年间，古城县九口塘村的河滩里被大雨冲出一具尸体，本县首富兼生员杨同范前来县衙报案，声称尸体是他本村同族杨三姑，一个月前被丈夫涂如松暗害，请县大老爷严惩凶手，为民申冤。知县汤应求不敢怠慢，立刻委派刑房老书吏李献宗和仵作李荣前去验尸。
老书吏李献宗为人正直，办事认真，李荣干了多年的仵作，也是秉公执法。就在李荣背起勘验用具刚要出门时，杨同范闪身拐了进来，他从怀中掏出一根金条放在桌上，说：“九口塘河滩里的尸体，确是被涂如松所害的杨氏，李爷不会有违民意的吧！”李荣不动声色地回答：“没有勘验过，怎好人云亦云！”接着把金条塞还给杨同范，自顾自出门而去。
两人赶到尸体放置地点，看到尸体已经腐烂，又被野狗撕咬过，身份已经很难辨认。但李荣凭着丰富的勘查经验，从尸体的一双脚骨上，断定此为一具男尸，再从毛发骨骼上，进一步证实是个还未成年的男子，和成年女尸的差别十分明显。李献宗把勘验结果，细细校对，并签下“此系男子之尸”六个字，然后关照地保把尸体收敛埋葬，并在坟前立杆标记。
返回县衙后，两人立刻将验尸结果向汤知县作了禀报，李荣也说出了杨同范行贿被拒之事，汤知县沉吟道：“杨同范为何要假尸冒领，又为何行使贿赂呢？”李献宗办案多年，积累了一些经验，他提出自己的看法：“我估计杨三姑还活在世上，而且与杨同范脱不了干系，不管杨同范是什么意图，先找到杨三姑再说！”汤知县点头称是，随即发下签票，命他查找杨三姑的下落。
李献宗很快查知：杨三姑在嫁到涂家之前就和同村生员杨同范勾勾搭搭，后来杨同范迫于父命，抛下杨三姑迁到城里，虽说家有三妻四妾，可对杨三姑却情有独钟，而杨三姑这时刚好遇上涂家找媳妇，经媒婆说合，迅速成了亲。成亲后杨三姑三天两头回娘家，老实巴交的涂如松忍无可忍，就和杨三姑争吵起来，杨三姑一气之下离家出走，再也不见了踪影儿。据说杨三姑平日回娘家，无非是找个借口，其实是和情夫杨同范相会，这次是不是也躲在杨同范的府内，李献宗准备明日再行探查。
谁知第二天，湖广总督迈柱将一个名叫高仁杰的派来古城县担任主审官，审理这起九口塘尸案。这个高仁杰是迈柱的门生，表面和善，内心却很歹毒，当时是广济县的候补知县，正在为找不到实缺而发愁，恰在这时接到了杨同范的重金贿赂，让他借假尸将杨三姑的丈夫涂如松置于死地，好长期与杨三姑鬼混。高仁杰盘算了一下，决定来个一箭双雕，便到总督府走了后门。
高仁杰走马上任，对案子未作任何审理，就把涂如松和汤应求先行扣押，起用另一名仵作薛义。这个薛义也被杨同范收买，受命之后，立即动身来到九口塘河滩，命地保重新挖坟验尸。尸体经过几次翻腾，根本无法再验，而他却装模作样，东戳戳西量量，磨蹭了好长时间，一口咬定是具女尸，还说从肋骨中间，验到了刀伤的痕迹。
一张虚假的验尸公文送到了高仁杰的手上，他心知肚明，立刻发下火签，把李荣拿来拷问。李荣是条硬汉子，高声回答道：“高大人！那尸体一无缠足受折的脚趾骨，二无女子毛发，三无女身特征，四无刀伤棍痕，明明是个未成年的男尸，你要我从何招起？”
高仁杰见李荣说出真相，那还了得！他猛一击案，吩咐重打。那些如狼似虎的衙役，见汤应求已经成了阶下囚，就拼命巴结高仁杰，棍棒下去，又狠又重，血肉横飞。李荣自知厄运难逃，更是不顾一切地大骂高仁杰是个存心不良的小人，并当场揭出了杨同范行贿被拒的事实。高仁杰又惊又怒，再也顾不了别的，只是一个劲儿地朝堂下丢签子：重打一百！重打二百！重打三百！可是三百下还没打完，李荣就在惨叫声中断了气。
李荣一死，再也没人能说清那具尸体是男是女了。于是，等到戴着手铐脚镣的涂如松被推上公堂，高仁杰不由分说，就先下令打五十大板，然后大声呵斥道：“你个刁民，谋杀妻子，铁证如山，不必抵赖！告诉你，本大人铁面无私，若不想再受皮肉之苦，就快快招了！”涂如松虽被打得皮开肉绽，嘴里还是喊着冤枉。
高仁杰见他还不招，便命衙役抬来一盆熊熊炭火，烧红了铁索，强迫涂如松跪在上面，只听“吱吱”声响，满堂都是皮肉烧焦的味道，涂如松昏死了过去。高仁杰又让衙役用冷水把他泼醒，继续用刑。涂如松即便是铁打的汉子，也难受此等酷刑，他口里喊着：“罢罢罢！死了吧，死了吧！”就招认自己杀了妻子。
高仁杰得了口供，心中一块大石头落了地。他当场判定杀人犯涂如松死刑，包庇犯汤应求革职充军，李献宗糊涂失职，杖责一百，逐出衙门。他吩咐将一干人犯先行关押，等禀报上司批复后执行。此案一判，全城百姓街谈巷议，愤愤不平，高仁杰虽然接任了古城知县之职，却被万人唾骂。
老书吏李献宗被杖责一百大板逐出衙门，跌跌撞撞地回到家中，他不用多想，就认定这是一起冤案。老书吏忍受阵阵伤痛，心中生出了一股坚定的信念：人大不了就是一死，我就是豁出这条老命，也要把这桩案子弄个水落石出！他想起邻近古城的黄安知县陈鼎，为官刚直不阿，决定前去求他相助。他一边走，一边苦苦思索：杨三姑藏在杨府，要是能取到实证，就可越级上告了。
李献宗边走边想着心事，忽听有人喊他，原来是城里摆豆腐摊的老徐婆。她说前天早上杨家大娘子难产，请她帮忙接生，她去后一看情形紧急，就大叫再来人帮忙，丫环急拍墙壁喊三姑，只见从墙壁的暗门里窜出一个浓妆艳抹的年轻女人来，经过一番折腾，婴儿总算生了下来。老徐婆认出她就是杨三姑，只是装作不知道，而杨三姑却不认识老徐婆。
老徐婆心中明白，杨氏一案，整个古城县都在沸沸扬扬，许多人受了冤枉，尤其这个刑房李爷，对自己还有恩呢！她听说李爷已经出狱，很想去找他，但又鼓不起勇气，没想到今天偏偏让她遇上了。李献宗听罢，浑身的伤痛和劳累都丢到了九霄云外，直奔黄安而去。
黄安知县陈鼎，虽为七品小官，却才识过人，他对九口塘尸案早存怀疑，一直在冷眼旁观。这天傍晚，忽听门人来报，古城县被开缺的刑房书吏李献宗求见，便说快快请进。当陈鼎听完李献宗的叙述后，随即透露了一个消息：皇上批准了总督迈柱关于判处涂如松死刑的上奏，已派湖北巡抚吴应棻前来传旨，估计明天就会路过黄安前往古城行刑。李献宗顿时急得连连搓手跺脚，突然“扑通”跪倒在地，对陈鼎道：“陈大人，明知是冤案，却不能昭雪，我们都将成为千古罪人哪，恳望大人出谋划策！”
陈鼎沉思片刻，扶起李献宗说：“眼下还有一步棋可走，但你得再受皮肉之苦！”李献宗想也没想就说：“只要能沉冤昭雪，在下愿以性命相赔！”陈鼎一听，十分感动，他悄悄对李献宗耳语一番，并连夜将九口塘尸案的前前后后写成诉状，交给李献宗收藏在身边。
第二天中午时分，只听鼓乐声起，一群差役手执“肃静”“回避”的大牌慢慢而过，一顶四人大轿，前呼后拥而至。这时李献宗不顾一切地从围观的人群中冲到大轿前，连声喊着“冤枉”跪倒在地，双手将状子高举在头顶。
巡抚吴应棻看见有人拦轿喊冤，大喝一声给我打，护卫们把李献宗按倒在地，动起手来。李献宗忍受着旧伤复发之痛，口中一个劲地喊着“冤枉”，直把个老书吏打得声音越来越微弱，吴应棻才摆摆手问道：“你有什么冤枉，为何不到本地衙门告发？”李献宗嘶哑着嗓子回答说：“本地衙门无力申冤，详细冤情状里都有，请抚台大人过目！”吴应棻打开一看，大吃一惊：他奉旨前来，正是为九口塘尸案处斩人犯的，如今竟有人冒死翻案，看来情形非同一般！他厉声问：“你知道为死刑犯翻案的律令吗？”李献宗答道：“回大人，这是一起大冤案，非翻不可，小人准备以死明志！”吴应棻听心中一动，就命差役将他带到下榻的府弟。