海军指挥机关。国民党政府设置，原隶军事委员会。民国二十七年 (公元1938年)行政院的海军部裁撤， 其经营事务归并海军总司令部。民国三十四年 (公元1945年) 海军总司令部曾一度缩编为海军处，改隶于军政部。次年国防部成立时又恢复海军总司令部的建制，为国防部所属四大军种司令部之一。管理海军各舰队、学校、工厂、港口司令部等。设总司令一人，为上将级，副总司令一人，为中将级; 参谋长一人， 为少将级; 下辖各室、署、处。总司令办公室掌理文书及事务性业务。设主任一人、为上校或中校级; 参谋、副官、秘书各二至三人，为少校以下军官或同等官。各署为一般性参谋业务机构：第一署掌理海军人事，凡培养、铨叙、任免、考核、奖惩等事项均属之;第二署掌理有关海军国内外情报的收集、研究、判断，兼掌战史业务;第三署，掌理海防计划及其实施，海军作战计划及其实施，舰队调遣运用等业务;第四署，掌理海军补给的筹划、实施以及军工生产等业务;第五署，掌理海军各机构编制和筹建，训练计划的拟定以及对海军学校的督导等业务;第六署，掌理海军有关科学技术方面的发展研究。各署设署长一人，为少将或上校级;副署长一人，为上校或中校级。署下各设二至四处，处长为海军中校，处下设科，科长为中校或少校，各科设参谋人数不等，为少校以下或同等官。各处为特别参谋和行政机构：新闻处，掌理海军机关、部队的一切政治工作，财务处，掌理海军经费的筹划、管理及颁发，兼掌预算业务;监察处，掌理所有海军部队的纪律、财务管理的监察业务;军法处，掌理海军机关、部队的军法事宜;军医处，掌理海军各卫生机构的筹建、管理，药物、器财的筹划、补充、保管等业务。副官处掌理本部人事、文电、收发、通信、档案等业务;总务处，掌理本部行政及事务性工作。各处设处长一人，为上校或中校级。处下设二至四科不等，各设科长一人，为中、少校或同等官;各科参谋、科员三至五人不等，为海军少校以下军官或同等官。