1866年12月5日，30岁的德川庆喜登上了征夷大将军的宝座，成为德川幕府的第15代将军。
仅仅20多天后，16岁的明治天皇登基，成为日本第122代天皇。
天皇朝廷和幕府将军之间的决战，就发生在这几乎同时登上历史舞台的两个政治领袖之间。
当时，日本的幕府时代已经延续了670多年。在这670多年问，天皇虽然名义上仍是闰家元首。实际上已完全成为幕府的傀儡。
到了幕府统治的后期，农民和城市居民不断起义，要求改革政治。统治阶级内部也发生了分化，新生的资产阶级的代表要求发展资本主义。1853年，美国海军首先打开了日本的国门，接着英国、法国、俄国、荷兰等西方资本主义国家接二连三地逼着日本签订不平等条约，严重地侵犯了日本的主权。同时，也暴露出了幕府腐败虚弱的真面目。
于是，一些势力强大的诸侯，也提出了改革幕府政治的要求。他们以重天皇、抵抗侵略为口号，要求参加治理国家，与幕府的独裁统治发生了激烈的冲突。几次大战之后，反幕府的力量越来越强大，并且在长州建立了反幕府的根据地。
1866年1月，在反幕府志士的努力下，日本长州地方的诸侯，和萨摩地方的诸侯，建立了萨长同盟；紧接着，萨摩和土佐这两个反对幕府的主力也结成了同盟。多年的政治斗争经验，使反对幕府的诸侯们懂得，虽然天皇手中暂时还没有实权，但天皇毕竟是名义上的国家元首，在激烈的政治斗争中，谁能掌握住天皇，准就有了号召全国的旗帜。当时明治天皇虽然年幼，但他身边掌握实权的官僚岩仓具视等人，是积极主张打倒幕府的。他们很重视对小天皇的培养，挑选当时有名的学者当天皇的老师，讲授课程中，既有中国古代的经典《诗经》、《史记》、《资治通鉴》、《贞观政要》，也有日本史籍《神皇正统记》等，此外还有关于西方世界的新知识，如《西国立志编》、《法国政典》等，而已还教天皇学习德语。经过这样的精心教育，明治天皇从一个无知的少年，成长为既尊重民族传统、又具有开放精神的君主。当时，岩仓具视等大臣与地方上的反幕府力量取得了联系，制定了周密的打倒幕府的行动计划：由萨摩和长州两方面的武士掌握皇宫和京都的警卫，然后由天皇发布诏令，命令德川庆喜交出政权；如果德川庆喜不服从，就号召全国诸侯和武士一齐起义，通过战争打倒幕府。
1867年8月，名古屋地方有人谣传，说从天上飘下了象征吉祥的神符。大批农民和市民离开自己的家，男人穿女人的衣裳，女人穿男人的衣裳，到处狂歌乱舞，歌词中不断重复着“可好啦！可好啦！”的单调词句。人群闯进那些平时坑害大家的高利贷主、商人和地主家，勒令他们拿出酒食招待大家，吃饱喝足以后又继续歌舞，连幕府的官吏也无法阻拦。这种“可好啦”运动持续了好几个月，遍及日本全国各地，实际上是一种变态的人民反抗运动。在这场运动的冲击下，幕府的统治机构几乎全部陷于瘫痪。
在群众运动的掩护下，反幕府力量做好了行动的准备。但是，考虑到反幕府的军事力量，尤其是海军，还比幕府的军事力量薄弱，土佐地方的诸侯建议，采取先礼后兵的办法，争取使德川庆喜主动放弃政权。这年10月，他们抱着一线希望，由土佐诸侯领袖山内容堂向德川幕府提出了“奉还大政”的建议书，要求德川庆喜将国家政权奉还给天皇。
德川庆喜已经注意到反幕府力量的强大，采取拖延策略，他假意接受这个建议。但是，反幕府力量并没有受他的迷惑，就在这同一天，明治天皇发布密旨，说德川庆喜凭借着德川幕府维持了200多年统治的威风，依仗着自己的实力强大，迫害忠臣，甚至不把天皇放在眼里，使全国的老百姓都吃尽了苦头，再由着他这样下去，日本就要亡国了！所以，天皇号召全国各派力量一齐行动起来，消灭德川庆喜，挽救国家的危难。反幕府派得到这份密旨，如虎添翼，声势更加强大了。在岩仓具视和萨摩、长州两地诸侯的秘密指挥下，反幕府军队陆续向京都集中。
12月9日，反幕府的军队把守住了皇宫的大门，天皇正式发布了《王政复古大号令》，宣布废除幕府制度，恢复幕府制度之前的天皇掌握政权的“古”制；并宣布成立设总裁、议定、参与3个职务的天皇新政府。
当天晚上，在皇宫内的小宫殿中，明治天皇亲临会场，召开会议。会议作出决定，命令德川庆喜辞去所有官职，交出全部领地，彻底退出政治舞台。
德川庆喜不承认“王政复古”，对于天皇的命令不理不睬，同时调动幕府军队转移到大阪，以大阪为根据地。
1868年1月1日，德川庆喜命令幕府大军向京都进发，幕府与反幕府的天皇维新政权之间的大战正式拉开了序幕。因为这一年是戊辰年，所以这场战争在日本历史上被称为“戊辰战争”。
战争首先在海上打响。1月2日，幕府军在兵库附近海面上向萨摩的军舰“平运丸”发动了攻击，第二天双方又在阿波海进行了海战。因为维新政府的海军力量比较弱，幕府军取得了暂时的优势。
从陆路向京都进发的幕府军，兵分两路，从京郊的鸟羽和伏见向京都进攻。当时幕府军的总兵力为1。5万人，而天皇手下只有5000多人。所以德川庆喜对这一战充满信心，在战事开始之前，他甚至已经写信给京城中的内应，要他们监视住明治天皇，不要被反幕府军在败退时挟持着明治天皇逃走。
3日，幕府又向各外国公使发出通告，要求各国不得再把武器弹药卖给反幕府军队。当天下午，鸟羽方向的幕府军与维新政府军发生冲突，维新政府军突然开炮，战斗打响了。伏见方向听见炮声，也同时展开了战斗。激烈的战斗一直持续了整整一夜，到第二天早晨天亮时，装备恶劣的幕府军抵挡不住维新政府的猛烈炮火，纷纷后退。在淀城经过短暂休整，幕府军又被调动起来，乘着当天的大雾，再次向京都发起了进攻。
与此同时，明治天皇特别向守卫京都的军队颁发了锦旗。维新政府军大受鼓舞，把锦旗插在阵地上，让它迎风飘扬。而幕府军的士气更为低落，5日不得不再次退往淀城。然而淀城的诸侯大约是看到幕府军败局已定，突然宣布效忠天皇，拒绝幕府军入城。6日，幕府军已被迫转攻为守，退到京都和大阪之间的关口桥本。维新政府军分三路渡河，向幕府军发起进攻。在战斗的关键时刻，幕府军的侧面忽然又响起了枪声，原来是幕府军的友军掉转枪口，站到了维新政府一边，向幕府军宣战了。在这样一个又一个打击下，幕府军终于全线崩溃，全部逃回大阪。
德川庆喜被这没有预料到的大败吓破了胆。6日白天，他还召集将士，扬言要亲自出征京都；当天晚上，他却只带着几个随从，装成巡逻的卫兵，逃出了大阪城，由海路逃奔江户老巢。德川庆喜一走，大阪城中的幕府军顿时大乱，四下逃散，沿途烧杀抢掠，大阪城中一片大火。第二天，维新政府就发布了追讨令，宣布讨伐德川庆喜。
12日，德川庆喜逃到江户，想找出皇亲国戚来调解。但是明治天皇却没有给德川庆喜喘息的机会。2月3日，明治天皇宣布亲自出征，指挥各路兵马向江户挺进。这时，全国各地大部分诸侯都已经归顺了天皇。看到大势已去，德川庆喜只得放弃了顽抗到底的念头，采取了明智的态度，放下武器，隐居到庙里，退出了历史舞台。
立志变法维新进行改革的明治天皇，终于战胜了旧势力的代表幕府将军。
3月14日，明治天皇率领大臣和诸侯在紫宸殿祭把天神时，发表了《五条誓文》，宣布今后要彻底废除幕府的封建专制和独裁、破除过去的种种不良习惯、发展工商业、向世界各国学习新知识等重要原则，实行“万事一新”的改革。同时还发表了明治天皇的亲笔信。明治天皇在信中表明，新成立的明治政府，要“经营四方，安抚亿兆，开拓万里波涛，宣布国威于四方”。
被称为日本历史上三大转折之一的明治维新，就从此开始了。