1880年10月的最后一天，菲律宾青年伊瓦腊从德国回到祖国首都马尼拉。他是7年前出国的。他长得棕色脸皮，气宇轩昂，风度翩翩，一回来就引起不少人的注意。
他才一到家，就有人来告诉他，他的父亲，圣地亚哥镇的庄园主拉斐尔，在他出国才几个月就悲惨地死去了。拉斐尔原是个开明人士，早被当地的顽固人氏视为眼中钉，达马索神甫甚至公开指责他，说他不去他的教堂作忏悔，是个不折不扣的异教徒。这时，镇上有一个当过炮兵的家伙，他是个西班牙人，因为又蠢又没半点文化，就找了个车辆税收员的职务干干。他因为斗大的字不识一个，再加上死要面子，常常要闹出许多笑话来。当时西班牙统治着菲律宾，菲律宾人原来就恨死了他们，见有这么一个半白痴，如何肯放过他？他们时不时去拿他取笑，常常故意将税单子倒拿了递给他。这个家伙连个顺倒也搞不清，横看竖看了半天，终究搞不清这上面写的是什么，就找到纸上空白的地方胡乱涂上几个圈，算是已签上了他的大名，逗得站在他边上的菲律宾人个个笑得直不起腰来。他自己清楚自己肚里没货，见人家笑话他，如何不生气！有一天，他正在一家商店里把一张文件颠来倒去地看，想把它弄清楚。这时，有群小学生正放学出来，见到他那股子狼狈相，就围着他看热闹，他们挤眉弄眼，边打手势边咯咯咯嘻嘻嘻笑个不停，引来了一群闲人也来看他的笑话。这个收税员勃然大怒，转过身来去追赶孩子。孩子们一哄而散，边逃边嘴里“巴，贝，比，勃，布”的乱叫。这是西班牙教科书小学一年级的拼音练习，意思是说这家伙连这几个拼音也不识。这税收员不由怒气冲天，口中骂骂咧咧，拔步狠追。他典着大肚子，如何赶得上？一怒之下，就将自己的手杖当作标枪投掷出去，正好打在一个孩子的头上，“咕咚”一声，孩子跌倒在地。他跑上去狠狠踢这个孩子，踢得那孩子哇哇大哭，这时，正好拉斐尔路过，他生气地大声喝道：“你凭什么欺负一个孩子？”这收税员见一个当地人居然敢来管他西班牙人的闲事，更是火上加油，抡起胳膊来揍他，被拉斐尔手起一推。这个胖子原就是个仗势欺人的没用人，吃人一推，踉踉跄跄倒退了有五六步，砰然倒在地上，正巧他那颗肥脑袋砸在石头上，昏了过去。且说拉斐尔扶起那个孩子，将他抱起来送进镇公所去。但那个收税员却再也没有醒过来，过了一会儿，竟呜呼哀哉了。这样一来，官府就以杀人罪将拉斐尔抓了起来。马上，以达马索神甫为首的一批他的仇人都纷纷出场了，假罪状从四面八方飞来，他被打成了叛乱分子和异教徒。而事实上，这个收税员是死于中风的。不过当时的官府见事情牵涉到“叛乱”，就将他打入大牢，不久，他就惨死在牢里。于是，拉斐尔就被葬了。然而，事情还没算完，在一个下着雨的黑夜里，掘墓人奉达马索神甫之命，将才葬下20天的拉斐尔的尸骨又从坟墓里挖了出来。他吩咐他将拉斐尔的棺材葬到穷人下葬的墓地里去。这个掘墓人见棺材很沉，墓地路又远，就干脆将他的尸体拖出来，往湖里一扔了事。
拉斐尔死后，家人跟伊瓦腊断了联系，一晃就是六七年。父亲的惨死，使伊瓦腊悲愤难忍，不过他是个改良主义者，他虽然痛恨这些害死他爸爸的人，但他心想，为父报仇最好的方法，莫过于继承父志，他就将一腔悲愤化为力量，决心兴建学校，开发民智，借此来改造社会。
有一天，伊瓦腊同几个同伴一起去郊外游玩，他们坐了一条船去。掌舵是个体格健壮的青年，他生有一对大而忧郁的眼睛，嘴唇闭得紧紧的，满头又长又乱的黑发，垂到粗壮的脖子上。他穿着一件黑色的粗布衬衫，人们可以从衬衫的褶纹里看出那一身发达的肌肉。
当大家到鱼栏里去打鱼的时候，发现鱼栏里有一条鳄鱼。怎么办？捉往它吗？谁敢？伊瓦腊拿了一把刀，但是不敢下水。这时，舵手站出来了。他手拿一根长绳，上衣一脱，纵身跃进水里，吓得大家叫了起来。马上，湖水在翻滚沸腾，鱼栏不住摇晃，深水处正在进行着一场格斗。船上，谁也不说话，每个人连呼吸都忘记了。伊瓦腊紧握着刀柄的手在不住地颤抖，一会儿，格斗结束了。青年的脑袋伸出水面。舵手拿着绳子的一端，爬了上来。一到地面，他就动手往上拉绳子。不久，那头怪物也出现在水面上。它的脖子和前爪被绳子捆了两道。这是一条大鳄鱼，身上有斑点，背上长着绿色的苔鲜，就像人的苍苍白发。它像一条公牛那样大吼大叫，用尾巴猛烈抽打鱼栏。鳄鱼一拉出水面，躺在平台上，舵手就一脚踏在它的身上，用两只强有力的手，迫使它的嘴巴合拢，想用绳子将它的嘴巴捆住。这时，鳄鱼使出它最后的气力，弯起身体，用尾巴一拍，纵身跳入水中，连捉它的人一起拖了下去。大家吓得齐声惊叫。但与此同时，另一个人也一跃入水，他就是伊瓦腊。马上，湖水变了颜色，被鲜血染成一片殷红。舵手重又露出水面，鳄鱼也上来了，它的白色肚子已经剖开，那把刀子插在它的喉骨上。伊瓦腊并没有受伤，那个舵手也只是胳膊上被抓破了一点。他对伊瓦腊说：“你救了我的命。”伊瓦腊说：“你的胆子太大了，下次可别再和自己的性命开玩笑。”这样，他们两人个就交上了朋友。
回去后，人们都在称赞这个勇敢的舵手，不料神甫和国民警卫队长都认识他，说他的名字叫埃利亚斯。据说，在九月一个下大雨的日子里，国民警卫队长在路上遇到一个扛着一捆柴的人。道路非常泥泞，窄得只容得下一个人。国民警卫队长非但没有勒住他的小马，反而用靴催马前进，还喝令那人让路。看样子那个人因为肩上扛着沉重的东西，不愿退回去，也不想深陷在烂泥里，他就仍然往前走。队长生起气来，想把他打倒。可是那个人却从柴捆中抽出一根木柴，在小马头上猛烈敲了一下。他打得那么凶，小马摔倒了，把背上的人也甩进了泥潭。那人若无其事地继续走他的路，一点也不理会背后气昏了的队长射来的5颗子弹。人们都说，这人准是天不怕地不怕的埃利亚斯。但是，他并不是土匪，因为有人看见他与一批正在打家劫舍的土匪搏斗过。看来，埃利亚斯确实是个神秘人物。
这些传闻，暂且不说，单说伊瓦腊，他终于筹到了一笔款子，打算建造一所小学，造福人民。人们邀请他去参加奠基仪式。在这之前的一次做弥撒的仪式上，伊瓦腊跪着在唱赞美诗，突然，他听见耳边有一个人在与他说悄悄话：“明天放基石的时候，不要离开神甫，不要走进土坑，也不要走近那块石块——这是性命攸关的事！”伊瓦腊回头一看，原来是埃利亚斯。他说完这几句话，就在人群中消失了。看来，害过他父亲的人又想加害伊瓦腊了。
第二天，建造小学的奠基仪式十分隆重，当地的名人都来了，还搬来了一架起重机，打算用它将那块沉重的基石吊起来，安放到土坑里。伊瓦腊拿过一把泥刀递给省长。省长讲了一番话后，在庄严的乐声中走下土坑，铲了几刀胶泥抹在石头上，大伙一齐热烈鼓掌。伊瓦腊又拿起一把泥刀递给了本堂神甫。他盯住伊瓦腊看了一会儿，才慢慢走了下去。走到一半，他抬头望了望那块悬吊在粗缆绳上的大石头，但也只看了一眼，就又继续走下去了。这样一个一个的抹泥，最后，省长一定要伊瓦腊也去抹泥，伊瓦腊只好顺从了。他不慌不忙地向前走去。埃利亚斯也躲在人群中，他瞪圆眼睛盯着他，眼里的表情是难以形容的。伊瓦腊很快地望了一眼吊在头顶上的那块大石头，这才对旁边一个人说：“请把胶泥递给我，再上去给我另外找一把泥刀。”正在这时，突然间，轰隆一声，起重机底部的滑车飞了起来，接着就是绞盘撞在笨重的木柱上。木架坍了下来，发出了吓人的巨响，地上冒起了一团烟尘。等到烟尘略略消散，人们才看清楚，伊瓦腊好好儿的，倒是一个工作人员被落下来的巨石压死了。很明显，这是有人暗算伊瓦腊，只是伊瓦腊心里有准备，才死里逃生。
第二天一早，伊瓦腊刚刚换好衣服，仆人来通报，说有一个乡下人求见。进来一看，原来是神秘严肃的埃利亚斯、这个曾被当作舵手的人，见伊瓦腊一脸的惊诧，就用土话说：“你不用感谢我，相反，你救过我的命，我还没有完全报答你。我只是来求你一件事，在法庭调查这件砸石事件时，你不要说出我来。”伊瓦腊说：“老朋友，你放心，我知道他们在搜捕你。”埃利亚斯说：“不，这不是为了我本人，我本人是谁也不怕的。”接着，他告诉伊瓦腊，有几个仇敌要害他，他昨天无意中听到了他们的谈话，所以预先警告他。大石头砸下来的时候，他推了一把这个要害伊瓦腊的人，于是，这家伙就自己被砸死了。
就在这天晚上，伊瓦腊参加了一次宴会。宴会上，当地的要人们都参加了。达马索神甫也来了。他看见伊瓦腊也在场，就找起他的岔来。他唾沫横飞地说：“……眼下这个世道，也不知怎么搞的，真是连天也翻了，一个半懂不懂的乡巴佬，只消出国去学上几个字母，他就要自封为博士，幸好老天长眼，天主对这等事也不会袖手旁观，只有瞎子才看不见。这个半吊子的老爹就受到了惩罚，死在监狱里，哈哈，死后还没处安身，只好喂猫饲狗——”很明显，他是含沙射影在恶毒攻击伊瓦腊，这下脸色煞白的伊瓦腊再也忍不住。他猛地跳起来，对准他的肥脑袋就是一拳。神甫“砰”的倒在地上，昏了过去。满座的人都惊得目瞪口呆，谁也没有上前拦阻。伊瓦腊抄起一把锋利的餐刀，一脚踩住了神甫的脖子，大吼一声道：“要命的都替我站开！”这时，神甫已醒了过来。伊瓦腊又揪住他的衣领，将他拎起来，用力摇晃了几下，吓得神甫不由自主地跪了下来。伊瓦腊气愤地说：“听着，你身为修士，满嘴的仁义道德，然而一肚子的邪恶贪婪。你这种人，真该判死刑才对。告诉你，我父亲是一个善良的公民，是个基督徒，一生行善，你们诬告他，还污辱他的遗体。你攻击我，我不与你一般见识，可你竟敢得寸进尺，中伤我的父亲，我饶得了你？”他正举起刀，要刺下去，就在这时，一个与他相熟的姑娘冲上去夺下了他的刀。她是怕他闹出人命来，伊瓦腊没说什么，只是呆呆望着她，然后双手捂脸，从人群中间跑了出去。当然，这么一来，他与神甫之间的关系便更紧张了。
几天后的一个夜晚，月光穿过浓密的树叶，投下朦胧的亮光，在这迷茫的夜色里，有一个人迈着缓慢的脚步，小心翼翼地在森林中行走。他仿佛在寻找道路，口里不时吹着古怪的调子，远处也有个什么人以同样的声音应和他。突然，有一个人从一块大岩石后面跳出来，手里握着左轮手枪，问：“你是准？”
来人反问：“老巴勃罗在你们这里吗？”
对方答道：“在！”
来人说：“那么请你告诉他，就说埃利亚斯来访问他。”原来，埃利亚斯来拜访绿林首领，他们组织着一支名叫“苦难者”的队伍，来反抗政府。埃利亚斯打算说服他，请伊瓦腊帮忙，让伊瓦腊充当不幸的穷苦人的喉舌，将人民的疾苦告诉社会。而这老人信不过伊瓦腊，他认为有钱人都是穿一条裤子的。他断定伊瓦腊不会肯干这些事的。不过他很欣赏埃利亚斯，希望他来做自己的接班人。
果然，不出这个绿林首领所料，伊瓦腊断然回绝了埃利亚斯的要求，他是个改良主义者，就在他俩会晤时，埃利亚斯向伊瓦腊透露了自己家史的秘密：
60年前，一个富有的邻居失了火，损失很大。这个富人要找个替死鬼，控告了他的祖父，说火灾是由他引起的。他的祖父受了这冤枉，被鞭子毒打。祖母为了养活丈夫和儿子，什么下贱的事都干过。祖父鞭伤好后躲进山里去，不久，祖母病了，祖父在绝望之余也上吊自杀了。这时，他的伯父年纪还小，只好任祖父的尸体一挂好几天。一个路人看见了，告了官。官府说祖父是祖母谋杀的，要鞭打她，只好等她产下遗腹子以后再执行。祖母产下他的父亲后不久，伯父当了强盗。这样过了几年，一天，他的父亲找不到祖母，当他找到了自己祖母时，发现祖母已死在路上，眼睛死盯着树上的一只篮，篮子里盛的正是伯父的脑袋。于是他父亲小小年纪就逃走了。他历尽了千辛万苦，攒下了几个钱，与一个姑娘秘密结了婚。但当人家了解到父亲的身世后，就将他投进了监狱。这姑娘（也就是他的母亲）生下了一男一女一对双胞胎，埃利亚斯童年的生活过得还可以，因为母亲将一切都瞒住了。不久母亲去世，出狱了的父亲偷偷卖身来当他们这对双胞胎的佣人。有一天，小埃利亚斯与人吵架，人家翻出了他家的老底，这下可糟了，他一气之下离家出走，妹妹莫名其妙地死了。爸爸则郁郁而死。于是，他就成了现在这么一个人。
不久，伊瓦腊祖父的仇敌之子鲁卡斯，假借伊瓦腊的名义，纠集了一帮复仇者，偷袭了国民警卫队的兵营，这件事失败了，鲁卡斯也死了，但是，伊瓦腊却受到了牵累。埃利亚斯建议他赶快烧毁一切文件，就在帮助他整理文件时，他忽然停下来，眼睛睁得大大的，把手里的一张纸翻来倒去的看了又看，然后颤声问：“彼得罗是你的曾祖父？”伊瓦腊边理文件，边心不在焉地说：“是啊，我们把姓简化了，它太长啦。”埃利亚斯走近他，问：“他是巴斯老人吗？”伊瓦腊惊讶地问：“不错，你问这个干吗？”埃利亚斯攥紧了拳头，把它抵在额头上，眼睛瞪着他，咬于切齿地说：“你，你知道彼得罗是谁吗？他就是诬告我的祖父，弄得我们家破人亡的恶棍。我一直在寻找这一家，现在天主总算把这个秘密揭示给我了！现在咱们来算一算帐吧！”埃利亚斯抓住伊瓦腊的胳臂，把他一阵摇晃。他恐怖地直勾勾地盯住埃利亚斯。埃利亚斯用悲愤、发颤的声音说：“你好好地看着我，看看我这个受尽人间折磨的人……你倒活着，活着，有钱，有家，有声望……你倒活着，活着！”他再也控制不住自己，抄起一把匕首，可是刚一拿起，就又放下了，他像疯子似地盯住一动不动的伊瓦腊，然后喃喃地说：“我这是要干什么呀？”说罢，从屋子里冲了出去。伊瓦腊还是被捕了，但埃利亚斯这个宽容大量的青年，觉得他曾祖父的罪孽下应由曾孙来偿还，就宽恕了他。
两个月后，光明磊落的埃利亚斯又将伊瓦腊从监狱中救了出来。他们坐上一条小船，共同逃跑。这时的伊瓦腊已觉悟过来，明白改良主义是没出路的，要救自己的祖国，就得以另一种方式来斗争。这时，一个骑兵从西班牙大街上疾驰而过，远处传来一声拖长的刺耳的警笛声。埃利亚斯小声道：“巡逻艇过来了。躺下来，我用这些草袋将你盖上。”巡逻艇的轮廊越来越清楚，越来越明显了。埃利亚斯不安地说：“它插到我们船和湖岸之间来了。”话未说完，巡逻艇突然改变方向朝他们冲来，同时传来命令停下的声音。埃利亚斯问：“你会划船吗？”伊瓦腊说：“会，怎么样？”
埃利亚斯说：“我善于游泳和潜水。我把他们引开，你就可以逃脱了。”
伊瓦腊不答应，说：“不，我们跟他们拼了。”
埃利亚斯说：“我们没有武器，他们有枪……圣诞节前夕我们再在你祖父的墓前会面。”说罢，他纵身跃入水中，乘势用脚将小船蹬开。小船漂浮在水面上，好像完全被人抛弃了。国民警卫队一齐向埃利亚斯开火，可是他老改变方向，枪打不中他。最后，再不见他浮上来。不过，大家可以不必着急，埃利亚斯是死不了的。
从此，这两个爱国青年又重新开始了他们的战斗生涯。