花椒锈病主要危害叶片。叶片染病叶背面现黄色、裸露的夏孢子堆,大小0.2—0.4mm,圆形至椭圆形,包被破裂后变为橙黄色,后又褪为浅黄色,在与夏孢子堆对应的叶正面现红褐色斑块,秋后又形成冬孢子堆,圆形,大小0.2—0.7mm,橙黄色至暗黄色,严重时孢子堆扩展至全叶。