老拐是乡村土郎中，医术高，心眼好。这天，他采完药回家，坐在藤椅上，闭上眼歇息。恍惚间，老拐到了后山的崖壁下，他仰头看去，上面有一棵硕大的灵芝，有一个人正朝灵芝的方向爬过去。老拐不禁为那人担忧起来，正想出言提醒，那人一脚踩空，摔落下来。老拐下意识地张开双臂去接，竟接住了。那是一位须发皆白的老翁，老翁再三道谢，并拿出三颗药丸送给老拐，说道：“红色的治心衰之症；黄色的治风涎之症；黑色的可解百毒。”老翁还说，红色和黄色药丸，若无相关病症，吃了倒也无碍，唯独黑色药丸只有中毒者方可食用，常人服下，性命不保。说罢，老翁腾云而去。老拐简直不敢相信自己的眼睛，手里托着三颗药丸，呆若木鸡……
就在这时，大宝的声音在老拐耳边响起：“爹，我回来了！”
大宝是老拐的独生子，聪明伶俐，从小跟父亲读医书，学医理，现在在县城的医馆里打杂。老拐睁开眼，方知刚才是一个梦。
吃过晚饭，父子俩一起收拾草药，老拐伸手去拿背篓，发现背篓里面放着一个锦盒，爷俩你看看我，我看看你，都说不是自己的。大宝打开锦盒，里面品字形摆着三颗药丸，一红，一黄，一黑。老拐一下子想起了下午的梦，他拉住大宝，把梦境详细描述了一番。只是那仙翁交代哪颗治心衰，哪颗治风涎，哪颗解毒实在想不起来了。仙丹不能用，大宝深感惋惜，只能小心翼翼地将锦盒收藏好，盼着哪天老爹能再通神明。
这天，县令到医馆送宫里的寻医榜文，大意是皇太后近来头风发作，心慌目眩。如能医太后之症者，赏银千两，入太医院。大宝看了榜文后断定，太后所患的是头风病，按神医华佗的说法，应是风涎入脑，此为绝症，无人可医。但今时不同往日，家中已有治疗风涎的药丸，这是上天给了自己飞黄腾达的机会。大宝赶紧告假，雇了一辆马车向家赶去。
小半天工夫，大宝就到了村口，一个村民看到大宝，一把拉住他就跑，说：“正要去县城找你！你爹上山采药，被‘野鸡脖子’咬了。”大宝脑袋“嗡”的一声，野鸡脖子是剧毒蛇，中了这种毒，活不过一个时辰。大宝跑回家中，见老拐脸色铁青，双眼紧闭，牙关紧咬，脉息微弱，情况十分危急。那三颗药丸中有一颗就是解毒丸，此刻正好派上用场。大宝赶紧拿出锦盒，可是，哪颗才是解毒丸？他焦急地踱来踱去。这时，老拐的嘱咐声在耳边响起：“只有解毒丸无毒之人不可服用，另两颗药丸无相关病症服用也无碍。”是呀，那就不用分辨了，把这三颗药丸都给爹服下，不就行了？大宝赶紧把三颗药丸都拿在手里，扒开老爹的嘴，刚要把药丸放进去，手像被谁抓住一样停住了，心里有个声音在说：“这样一来，你白白损失了另外两颗药丸，等于放弃了进太医院的机会。”大宝慢慢收回了手，是用掉三颗药丸救爹的命，还是留下药丸奔自己的前程？如果留下这三颗药丸，还是不知道哪颗是治疗风涎的，万一给太后献的是解毒丸，后果不堪设想。
怎么办？大宝咬咬牙，想：赌一把！用中毒的老爹试试药。先拿一颗药丸切成两半，爹服下半颗后症状减轻，说明这颗就是解毒药，那么将另一半也服下解毒，爹得救了，剩下的两颗可以都献给太后，定有一颗能治病，这岂不是皆大欢喜！可是，如果爹服下半颗药后没有解毒，就验出了这半颗药或是心衰丸或是风涎丸，献给太后即便治不了病，也不至于有事。大宝横下心，拉着老爹的手，说：“爹，原谅儿子不孝，您就帮帮儿子。”
大宝闭上眼，摸了一颗药丸，是黄色的，他将药丸切开，一半给老拐服下，紧张地察看。几分钟后，药丸没起作用，毒入心脉，老拐死了。大宝哭着掩埋了老爹，在坟前重重地磕了几个头，随后带着另半颗药丸进京献药去了。
药丸呈上之后，大宝在金銮殿上等候，大气也不敢出一下。不知过了多久，一个宫女来报，太后吃了那药丸感觉大好，头痛止住了。皇帝大喜，当即召大宝进太医院，赏银千两。皇太后亲赐宅院给大宝，还把身边的宫女指给他为妻。恩典轮番砸过来，大宝都有些不敢相信这是真的。
过了三年，大宝已升任为太医院院判，虽然在外面风风光光，可回到家他却愁眉不展。这么多年，自己始终没有一儿半女，纳了四房小妾，肚子没一个鼓起来的。大宝找来了算命的，算命的说他身边有怨气环绕，只有平息怨气，子嗣才能来。大宝一下子想起了当初草草掩埋的老爹，难道是老爹死不瞑目，心怀怨念，让自己断子绝孙？他心里喊道：“爹呀，我断子绝孙不就是您断子绝孙吗？我这就给您重起坟冢，另设灵堂，您就安息吧！”
说也奇怪，重新安葬了老拐不久，妻子有喜了，大宝乐开了花。十月怀胎，瓜熟蒂落，生下来一个白白胖胖的大小子。大宝在老爹牌位前上了香，给儿子取名“耀祖”，视为珍宝。
万万没想到，耀祖长到四岁，竟得了心衰之症，心血渐亏，面色惨白，无法行动。照此下去，活不过月余。大宝再次拿出锦盒，红色和黑色两颗药丸用哪颗？大宝迟迟拿不定主意，他不敢拿儿子的命去赌。其实，这不是个死局，聪明的大宝早就想到，先让耀祖中毒，两颗药丸同时吃下，各自发挥效用。不过这样白白损失了那解毒丸，大宝实在不舍。如果有一个人能试药就好了，可上哪里去找中毒之人呢？日子一天天过去，耀祖油尽灯枯，已经连话也说不出了。大宝狠下心，叫来两名家丁，命他们在夜深人静时抓来一个乞丐，强行灌下毒药。大宝选择了红色药丸一切两半，拿一半给乞丐喂下，乞丐毒发身亡。大宝知道这红丸就是治心衰之症的，赶紧将剩下的半颗给耀祖服下，又命家丁赶紧掩埋了乞丐的尸首。服下药丸后，耀祖脸上很快就现出血色。大宝松了口气，刚坐下来端起茶杯，就听到急促的叩门声，宫里来人，宣大宝速速进宫。
原来，太后的风涎之症又发作了，已目不能视，万分痛苦。皇帝令大宝赶紧诊治。大宝并不知道，当初那半颗药丸只能暂时抑制病情，没有根治。再次病发，病情只会更加严重。大宝无能为力，他跪在地上，身体如筛糠似的颤抖起来，嘴里不停地说：“臣有罪……”
折腾了一夜，太后痛苦地离开了人世。皇帝悲痛万分，哭得昏厥了过去。等皇帝醒来，他开口说的第一句话就是：“将大宝赐死。”
大宝在自己家中喝下了皇帝赐的毒酒。等宫人离开之后，他心急慌忙地打开锦盒，拿出黑色的解毒丸。此时，酒的毒性已发作，大宝视线模糊，心跳得飞快，他颤抖着手举起了解毒丸，要往嘴里送。
就在这时，“嘎吱嘎吱”，房门开了，一个模糊的身影走了过来。等身影走近了，大宝心头涌上一股莫名的恐惧：这不是爹吗？他不是已经死了吗？
只见老拐来到大宝身边，说：“儿啊，医者应有仁心，可你却有一颗毒心。你为了前程，拿爹的命去赌；后来，你竟连自己儿子的命都不在乎了。你不但杀了那乞丐，也害了耀祖，那半颗药丸只能保他五年性命。儿啊，你用几条人命验出来的那颗解毒丸，它能解药理之毒，却无法解心毒。今天，爹就是来接你走的！”
大宝感觉腹部一阵绞痛，再也说不出话来……