影片《飞碟导航员》的故事发生在1978年，年纪12岁的男孩David Freeman在他由森林返家的途中，不慎跌落一个深谷，当他恢复意识回到家中，却意外发现房子里住的居然是陌生人，而且时间是1986年，这位外貌仍为12岁的David后来找到了亲人，原本比David年纪小4岁的弟弟Jeff，如今都比David 还大。这件事发生的同时，美国太空总署发现一太空飞行物降落地球，他们认为这跟David的遭遇有某种关系，於是将David带去作测试，希望找到两事件之间的关联性，解开一切迷团，没想到David居然与这艘神奇的太空船建立友谊，开始他们一连串翱翔天际的冒险。