从前有个小山庄，庄上有五户人家，其中有一家，两口子结婚十多年了，也没儿女，两口子别提多想要个孩子了。后来听说没孩子去泰山拴姥姥很灵，两口子就带上盘缠，走了四天三夜来到泰山，登山来到碧霞寺，烧香磕头，求事许愿：结婚十多年了男孩女孩没一个，老奶奶就是给个小指头大小的孩子也行呀。
不知不觉十个月过去了，妻子真的生了个小指头大小的儿子，取名就叫小指头。十天半月过去还是那么小，半年一年过去了，还是那么大，三年五年过去了，还是老样子。别看小指头个那么小，却很聪明，机智勇敢。一天夜里，他听到院里有动静，从门缝里向外一瞅，原来是只黄鼠狼，正趴在鸡窝旁扒洞哩。小指头拿了一个鞭炮点着香头，悄悄的走到黄鼠狼身后，点燃了鞭炮塞进黄鼠狼屁股下，咣的一声把黄鼠狼给炸死了。又有一次，来了个偷牛的小偷，小指头顺着牛腿爬上牛背上，躲进牛耳朵里，天快亮的时候，小偷把牛赶到了家里，把牛一栓、门一关就睡觉去了。小指头解开牛，开开门，在牛耳朵里吆喝着把牛赶回了家。随后他把小偷的家告诉了村长，村长又告诉了县官。第二天，小偷就给抓走了。
小指头十五岁那年，就不安生起来，整天闲着往外走，爹娘好说歹说他也不听，父母也只有依着他。这天，小指头拿了3个大针别在衣服上，走出了家门，踏上了去县城的大道。走了不远，他看到一辆去县城的马车停在路旁，就偷偷的爬上马背，躲在马耳朵里，不一会，赶车的人回来向县城赶去。马车来到县城，小指头偷偷找个机会从马耳朵里滑了出来。县城里人多车多，来回穿梭，小指头怕在路上走有危险，就溜着墙根往前走。走着走着来到了衙门口，小指头知道衙门里住着县官，他就从人群缝里挤进去，在院里先逛了一圈，最后来到县大老爷办公的地方，大声喊起来：“县太爷、县太爷……”县太爷一听，哪来的尖声细语呀，顺着声音传来的方向低下头寻找起来，找来找去，在桌腿旁发现了小指头，县太爷感觉很惊奇，用手指一捏，把他放到了桌子上，小指头又蹦又跳，又喊又叫：“县太爷，给我点事干干吧。”县太爷哈哈一笑说：“你那么小能干什么，就先住在我这里吧。”
小指头聪明活泼可爱，人见人爱。阳春三月的一天，县太爷的闺女芙蓉小姐带着一帮人去后山游春观花，把小指头也带上了。小指头一会从这个人肩上蹦到另一个头上，一会又从另一个人头上蹦到那个人肩上，惹的大伙笑个不停。
走出县城不到二里就是后山了，只见满山遍野都是鲜花、野草、绿树，让人看的眼花瞭乱，大伙走走停停，快中午的时候才登上一个小山头，刚要坐下休息，忽然看到北面小山头上生起两团浓雾，一团黑一团红，眼看着两团浓雾渐渐变成了黑红两个妖怪。红妖怪一身红毛，黑妖怪满身黑毛，都张着血盆大口，嗷嗷叫着向人群走来。大伙一见，撒脚如飞，四散奔逃。弱不禁风的芙蓉小姐没走几步就瘫软在地，昏了过去。两个妖怪哈哈一笑说：这闺女细皮嫩肉，可该解馋了，说着就要张口去咬，只听有个尖声细语的声音大声喊道：“大胆，妖怪敢吃小姐，拿命来。”两个妖怪一听，说道：“是谁尖声细语口出狂言。”说着就找起来，找来找去，在一块石头旁发现了小指头，黑妖怪不由分说，把小指头抓起来就扔到嘴里。小指头没等妖怪合上口，已经走进妖怪的心里，拔出身上的大针，朝妖怪的心一下接一下的刺起来，黑妖怪痛的嗷嗷直叫。小指头说：“你还敢吃小姐吗？”黑妖怪说：“不吃了，不吃了。”小指头说快张开嘴，黑妖怪把嘴一张，小指头就跳了出来。小指头刚一着地，红妖怪一把又把小指头抓起来扔进嘴里，没等红妖怪绷上嘴，小指头已经钻到它眼珠后面，拔出大针，一下下朝眼珠扎起来，红妖怪痛的捂着双眼嗷嗷直叫。红妖怪大声说不吃人了，小指头才跳了出来，两个妖怪一溜烟给吓跑了。
两个妖怪吓跑了，芙蓉小姐也醒了，她一睁眼就问人都到哪里去了。小指头说：“都吓跑了。”小姐又问妖怪呢，小指头把打跑妖怪的经过说了一遍，芙蓉小姐听后，自言自语的说：“那么多人都吓跑了，还不是小指头救了我，他真是我的救命恩人。”
芙蓉小姐和小指头走下山，来到一个十字路口，见地上有个黑色荷包，小指头连忙拾起来递给了芙蓉小姐，问：“这是什么东西。”芙蓉小姐说：“这是万宝囊，要什么给什么，小指头你想要什么？”小指头说：“我什么也不要，只想和一般人一样高大。”芙蓉小姐对着万宝囊说：“万宝囊、万宝囊，小指头想和一般人那样大，快让他变大吧。”话音刚落，小指头慢慢大起来，不大会个头就超过了一般人，变成了一个魁梧的大小伙子，赤身裸体的站在那里，芙蓉小姐脸一红，赶快扭过头去，说：“万宝囊、万宝囊，快给他变身新衣裳。”小指头穿上崭新的衣裳，立刻变成了一位高大英俊的小伙子。
芙蓉小姐和小指头回到衙门里，把事情经过给县大老爷一说：“县太爷气不打一处来，把那些陪芙蓉小姐去后山的人，每人打了二十大板，拿出二百两白银赏给了小指头。
三个月后，经人说合，小指头与芙蓉小姐结缘成亲，有了自己的家庭，一年后有了孩子，接着小指头把父母从乡下接到城里，一家人过起了甜蜜的日子。