种系发生学，也被称作系统发生。其是指在地球历史进化过程中生物种系的发生和发展。种系发生学（phylogenetics）研究物种之间的生物关系。其基本思想是比较物种的特征，并认为特征相似的物种在遗传学上接近。种系发生学研究的结果往往以系统发生树（phylogenetic tree）表示，用它描述物种之间的进化关系。通过对生物学数据的建模提取特征，进而比较这些特征，研究生物形成或进化的历史。在分子水平上进行系统发生分析具有许多优势，所得到的结果更加科学、可靠。卢卡奇认为，“任何有机体的生成和消亡都表现为一个微观的历史过程。而自从拉马克和达尔文以来，物种在种系发生学上的发展已经表现为客观上的历史进程...