菌丝（hypha），即单条管状细丝，为大多数真菌的结构单位。它是由孢子萌发成芽管，再由芽管不断生长成丝状或管状的菌体，可以不断地延伸和分枝，有隔膜或无隔膜两种。有隔膜的菌丝称为有隔菌丝，无隔膜的菌丝称为无隔菌丝。一些原核生物也有菌丝，如放线菌。菌丝细胞的分裂生长多在每条菌丝的顶端进行。菌丝在基质中或培养基上蔓延伸展，反复分枝网状成菌丝群。很多菌丝聚集在一起组成真菌的营养体。菌丝通过顶端生长而延伸，通过侧生而分枝。埋入基质中以吸取营养为主的菌丝称营养菌丝，有的种类还可分化成假根、吸器等构造；伸展在空间的菌丝称气生菌丝，成熟后可分化成各种形式的产孢子构造，如放线菌的孢子丝或真菌中的子实体。